本校組織規程第21條第1項第8款規定：「秘書室：置主任秘書一人，辦理議事、公共關係、校友聯絡及綜合業務等事項。」，並依本校行政單位組織運作要點第10點：「秘書室設議事、綜合業務二組，各置組長一人、職員若干人。」，另依業務需要，設校友中心、訪客中心，及媒體公關中心。

秘書室負責校級相關會議、委員會等議事工作，媒體聯絡、新聞發布、公關宣傳、校友服務、校園導覽、校慶、杜鵑花節等活動、各項講座及其他綜合業務。秘書室任務為協助推動校務發展，強化服務效能，並致力提昇公共形象，展現臺大格局。

秘書室現有人員包括：主任秘書1人(由本校化工系王大銘教授兼任)、專門委員1人、組長2人、編審2人、組員3人、執行長1人、經理1人、資深專員3人、行政專員4人、行政組員8人、與工友1人。

秘書室之品質政策：發展革新、留才攬才、國際連結。

議事組  

負責重大校級會議如：校務會議、程序委員會、行政會議、校務發展規劃委員會議、教師申訴委員會、職員申訴委員會等相關業務，並辦理講座審議、分層負責、校務建言系統、本校公務信箱、科技部補助、高等教育資料庫、中程校務發展計畫考核等業務。

綜合業務組

負責辦理校慶活動、臺大杜鵑花節活動、畢業典禮貴賓接待、行政品質評鑑、內部控制作業、立法院國會聯絡、公職人員財產申報行政業務、校務諮議委員會業務、校園紛爭調解委員會、教育部視導、傑出人才發展基金會業務、斐陶斐榮譽學會業務、錢思亮誕辰紀念學術演講會、臺大系統文化基金會業務(校級單位)、編纂新進教師手冊、對外新聞與文宣之英譯及審查、中英雙語詞彙彙編、本校簡介之各式文宣品、維護本校英文網站、本室網路管理與網頁編修等業務。

校友中心

負責校友業務，擔任校友與母校之間的橋樑。業務內容包括校友證核發、傑出校友遴選、校友重聚籌辦、校友資料維護、校友資源整合、校友電子報發行、海內外校友會連結、校友返校活動辦理等。

訪客中心

訪客中心因應服務需求而生，提供校園導覽及訪客諮詢服務，並設置相關服務課程及志工業務。

媒體公關中心

相關新聞處理(新聞稿發布、記者會舉辦、回應媒體之需求)、媒體關係維繫、緊急應變(參與危機處理和新聞回應)、新聞及輿情彙整、自媒體經營(官方網站首頁更新、官方臉書)、刊物編輯(臺大校訊電子版、英文版Highlights)、支援校級活動之媒體相關事宜、議題管理等。